Biserica Sân Nicoara făcea parte din vechea incintă a Curţii Domneşti şi conform cercetătorilor a fost ridicată pe la sfârşitul secolului al XIII-lea. Prin urmare, lăcaşul de cult este mai vechi decât Biserica Domnească şi se crede că ar fi fost construit de Doamna Clara, mama vitregă a voievodului Vlaicu Vodă. Tradiţia populară atribuie, însă, construirea bisericii Sân Nicoara, Doamnei Marghite, soţia renumitului Negru Vodă.

Din punct de vedere arhitectural, biserica Sân Nicoara se încadrează în stilul artei bizantine răsăritene cu formă dreptunghiulară ce cuprinde naosul, pronaosul şi o absidă semicirculară. Zidurile bisericii sunt făcute din şiruri de piatră de râu alternată cu cărămidă. În urma săpăturilor arhelogice, pe teritoriul bisericii au fost descoperite monede de aramă şi argint, străine şi româneşti, dar şi inele de argint ce datează din secolul al XIV-lea